Når man vaccinerer, aktiveres kroppens immunsystem til at danne antistoffer mod en bestemt bakterie eller et bestemt virus (mikroorganisme).

Hvis hesten, efter at være blevet vaccineret, smittes med den pågældende mikroorganisme, genkender immunsystemet den meget hurtigt. Herved dannes der hurtigt antistoffer, som bekæmper mikroorganismen, så hesten undgår at blive syg.

Vaccinen mod herpesvirus (EHV) skal gives mindst hver 6. måned for optimal beskyttelse, og det højeste antistofniveau opnår man 4–8 uger efter vaccination. Derfor er det vigtigt at vaccinere, før hesten kan blive udsat for et stort smittepres, som for eksempel ved opstaldning i stævnestalde.